ר' שי"ח נפטר בודד בביתו בחודש אדר בשנת התרסה (1904), שנת המצור על צנעא (הידוע בשם "חוזת אלנפר") שנעשה ע"י האמאם יחיא נגד התורכים. בימים ההם עזבו רבים מהיהודים את צנעא ומאלה שנשארו בעיר היו מתים יום יום כעשרים. שלשה מאנשי העיר עסקו בתחלה בקבורת המתים ואולם לבסוף היה כל אחד נושא את מתו מלפניו וקוברו. וזה אשר ספר לי איש שהשתתף בקבורת ר' שי"ח. באותו יום בא המודיע אליו הביתה לאמר:
